Neue Veröffentlichung: DNA basierte Gewässerbewertung

In einem kürzlich in der Fachzeitschrift Methods in Ecology and Evolution erschienenem Artikel haben wir das Potenzial DNA-basierter Methoden für das Routinemonitoring von Fließgewässern getestet. Mit der „DNA-Metabarcoding“-Methode können Hunderte bentische Invertebraten in einer Probe auf einmal bestimmt werden. Die Bewertungsergebnisse zwischen morphologischen und DNA basierten Methoden sind sehr ähnlich, wobei mit Metabarcoding mehr Tiere auf Artniveau bestimmt werden konnten. Dennoch zeigt unsere Studie auch noch existierende Schwächen der neuen DNA-Metabarcoding auf: Etwa 30% der morphologisch identifizierten Tiere konnten nicht entdeckt detektiert werden. Dies kann auf den noch unvollständigen Referenz-Gendankenbanken beruhen, Resultat von Fehlbestimmungen oder „Primer bias“ sein. Unsere Arbeit ist ein wichtiger Schritt in der Methoden-Valiedierung und zeigt das Potential von DNA Metabarcoding im Routinemonitoring.

Foto 1: Vasco Elbrecht, Edith Vamos und Florian Leese (von links nach rechts) haben zusammen mit Kristian Meissner und Jukka Aroviita vom Finnischem UmweltinstitutSYKE  insgesamt 18 Monitoring Proben aus Finnland molekular und Morphologie-basiert untersuchet.

Außerdem hat es die von uns entwickelte Bioinformatik software PrimerMiner (im selben journal erschienen) diesen Monat auf das journal cover von Methods in Ecology and Evolution geschafft.

Foto 2: Das Cover-Foto von Methods in Ecology and Evolution Zeigt eine Makroinvertertebraten Probe welche mit Hilfe von Flüssig-Stickstoff und einem Mörser homogenisiert wird um die DNA Extraktion zu ermöglichen.

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