Kategorie-Archiv: Metabarcoding

Neue Veröffentlichung – Primer Validierung

Gestern erschien eine neue Veröffentlichung von Vasco und Florian mit dem Titel „Validation and Development of COI Metabarcoding Primers for Freshwater Macroinvertebrate Bioassessment“ in der Zeitschrift Frontiers in Environmental Science (Link). In der Studie zeigen wir anhand ausführlicher in silico Analysen Probleme der aktuell verfügbaren COI Primer für Metabarcoding von Makrozoobenthos-Tiergemeinschaften und testen vier neu-entwickelte Primer. Unsere Analysen zeigen, dass insbesondere die neu-entwickelten Primer (BF/BR) für die Analyse von Süßwassermakroinvertebraten sehr geeignet sind. Insbesondere aber zeigt die Studie, wie wichtig eine gründliche Validierung der Primer ist und zeigt, dass hier in Zukunft noch viel Verbesserungspotenzial im Kontext der wachsenden Referenzdatenbanken besteht.

IFWW-Förderpreis gewonnen

Unsere Mitarbeiterin im GBOL-Projekt, Bianca Peinert, hat im Rahmen der 50. Essener Tagung für Wasser- und Abfallwirtschaft den Förderpreis 2017 des Instituts für Wassergüte- und Wassermengenwirtschaft e. V. (IFWW) gewonnen. Der Preis wurde für ihre innovative Masterarbeit zum Thema „DNA-basiertes Gewässermonitoring“ verliehen, bei der in einer Fallstudie DNA-Metabarcoding etabliert und mit der traditionellen morphologischen Methode verglichen wurde. Ihre Masterarbeit hat Bianca im Rahmen der GeneStream-Projekts (Bode-Nachwuchsgruppe) durchgeführt. Die Arbeit wurde insbesondere von Vasco Elbrecht und Arne Beermann betreut. Der Förderpreis ist mit 2000 Euro dotiert und wurde in diesem Jahr geteilt an zwei Abschlussarbeiten im Krönungssaal des Aachener Rathauses überreicht.

Wir gratulieren herzlichst zu dieser Auszeichnung!!!

Bild: M.Sc. Bianca Peinert mit ihrer Urkunde.

DNAqua-Net Auftaktveranstaltung

Florian leitet seit November 2016 offiziell das große EU COST-Netzwerk DNAqua-Net. Alexander ist als Grant Manager der verantwortliche Koordinator des Netzwerks, welches aus bislang 300 Forschern, Industriepartnern sowie Vertretern öffentlicher Einrichtungen besteht.

Ziel der COST Action DNAqua-Net ist es, das Potenzial moderner DNA-basierter Methoden zur Erfassung des ökologischen Zustands von Wasserökosystemen (Seen, Flüsse, Meere, Grundwasser) zu erkunden und standardisierte Anwendungsroutinen zu entwickeln. Dies kann nur dann erfolgreich in große internationale Umweltgesetzeswerke (z.B. EU Wasserrahmenrichtlinie) eingebunden werden, wenn über die Grenzen der wissenschaftlichen Community hinaus verbindliche Standards und Qualitätssicherungsstrategien vereinbart werden.

Die Auftaktveranstaltung dieser COST-Action fand vom 6.-9. März an der Universität Duisburg-Essen. 172 Vertreter aus 37 Nationen waren auf dem Campus vertreten und haben in extrem konstruktiver Atmosphäre Chancen und Herausforderungen der Techniken diskutiert. Bilder zu der Veranstaltung gibt es hier.

DNAqua-Net conference participants

Beprobung der Sieg

Letzte Woche waren Vera und Bianca zusammen mit unseren Projektpartnern vom Forschungsmuseum Alexander Koenig zwei Tage an der Sieg und haben Proben für Veras Doktorarbeit gesammelt. In diesem Projektteil soll die vorhandene Biodiversität ausgewählter Probestellen mit den Ergebnissen unseres GBOL-Partners aus den letzten Jahren verglichen und fortgeführt werden.

Dabei kamen verschiedene Methoden zum Einsatz. Über Kick-Sampling wurde Makrozoobenthos gesammelt, welches nun im Anschluss mit unserem selbstentwickelten Metabarcoding-Protokoll identifiziert wird. Es wurden außerdem Wasserproben gefiltert, mit denen wir testen möchten, ob sich mit der darin befindlichen DNA (eDNA, environmental DNA) vergleichbare Ergebnisse erzielen lassen. Und zusätzlich filterten wir noch Mikroorganismen aus den Gewässerproben, um mögliche Verlinkungen zum Makrozoobenthos nachzuprüfen.

In den kommenden drei Jahren sollen diese Untersuchungen halbjährlich wiederholt werden.

River Sieg

Foto 1: Erstes Beprobungsgewässer ist die Sieg.

Proben konservieren

Foto 2: Aussortieren der Probe.

eDNA filtern

Foto 3: Vorbereiten der Apparatur für eDNA-Filtern.

Kicksampling

Foto 4: Kicksampling-Beprobung.

Molecular Ecology-Modul

Am 5.9. startet unser neues Modul „Molecular Ecology“. Eine Woche werden wir im Molekularlabor des Forschungsinstituts Senckenberg in Gelnhausen Untersuchungen an Gewässerorganismen durchführen. Anschließend werden bioinformatische Analysen an der Universität Duisburg-Essen durchgeführt. Ziel des Kurses ist es molekulare Methoden kennen und anwenden zu lernen, mit deren Hilfe ökologische Fragen beantwortet werden können. Im Kurs werden wir insbesondere testen, ob natürliche oder anthropogene Faktoren die genetische Diversität und Isolation von Fließwasserorganismen bestimmen.

Als Untersuchungsgebiet haben wir das Rhein-Main-Observatorium gewählt.

Molecular Ecology Module

Konferenz video: Metabarcoding Primer Entwicklung

In Sacramento haben wir der diesjährigen Konferenz der Society for freshwater Science SFS unsere neusten Forschungsergebnisse zum DNA Metabarcoding vorgestellt. Ein video der presentation ist in Englischer Sprache auf YouTube zu finden.

Insbesondere das Primer-development-tool PrimerMiner wurde vorgestellt, welches als R package auf GitHub erhältlich ist. Zusätzlich ist kürzlich zu entsprechendem Package ein PrePrint als vorab Veröffentlichung erschienen.

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Neues Projekt: eDNA in Ruhr und Möhne

Am vergangenen Samstag waren wir an Ruhr und Möhne unterwegs, um die ersten Proben für ein weiteres neues Projekt zu nehmen. In den kommenden Monaten werden Florian und Jan untersuchen, wie sich aus dem Flusswasser gefilterte DNA (eDNA, environmental DNA) nutzen lässt, um die Artengemeinschaft in Ruhr und Möhne zu ermitteln.

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Neues Projekt: Metabarcoding und eDNA zur Untersuchung multipler Stressoren in neuseeländischen Fließgewässern

Wir starten ein neues Projekt!

Gemeinsam mit unseren Kooperationspartnern von der University of Otago werden Florian und Jan Metabarcoding- und eDNA- Analysen nutzen, um den Einfluss multipler anthropogener Stressoren auf Artengemeinschaften in neuseeländischen Fließgewässern zu untersuchen.

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