Kategorie-Archiv: Metabarcoding

Neue Veröffentlichung: Ribosomale Marker für DNA-Metabarcoding!

Basierend auf unseren zuvor genutzten Artgemeinschaften, welche wir zum Entwickeln unseres COI DNA Metabarcoding-Protokolls verwendet haben, ist nun eine weitere Veröffentlichung erschienen. In dem PeerJ erschienenen Artikel testen wir ob ribosomale metabarcoding Marker Artgemeinschaften besser detektieren als die zuvor verwendeten COI Folmer Primer. Dies war tatsächlich der Fall, jedoch ist die Nutzbarkeit des 16S Markers stark durch die limitierten Referenzdaten eingeschränkt. Die gemeinsam mit unseren Kooperationspartnern aus Frankreich veröffentlichte zeigt entsprechend, dass ein alternativer zu COI prinzipiell gut nutzbar ist. Aufgrund der umfangreichen Referenzdatenbank für COI werden wir jedoch auch in den nächsten Jahre auf den COI Marker vertrauen. Dass mit angepassten Primern dieser Marker ebenso zuverlässig ist wie der ribosomale Marker zeigen erste Tests.

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Abbildung: Der getestete 16S Marker zeigt deutlich weniger Variabilität als der standard COI Folmer Maker.

Video: Trocknen und Homogenisieren von Umweltproben

Mit der im Leeselab entwickelten DNA Metabarcoding-Methode können Hunderte von Invertebraten aus Umweltproben sicher identifiziert werden. Die Tiere werden mit einem Netz von der Gewässersohle gesammelt („Kick-sampling“). Für die weitere Bearbeitung im Labor ist eine Trocknung der in Ethanol gelagerten Tiere notwendig. Danach werden die Proben in einem Homogenisator fein zermahlen. Bereits ein kleiner Teil dieses feinen Pulvers reicht aus, um DNA von allen in der Probe vorhandenen Individuen zu erhalten und sie folglich über unsere DNA Metabarcoding-Methoden zu identifizieren.

Wir zeigen in folgendem Video, wie wir Invertebraten-Proben bei uns im Labor trocknen und homogenisieren. Derzeit bearbeiten wir Proben aus Finnland, welche dort zur Gewässerbewertung genutzt wurden. Ein weiterer Beitrag zu dieser Methode ist kürzlich im Radio (wdr5) erschienen.

Neuer PrePrint: Potential von 16S markern für DNA metabarcoding

Zusammen mit unseren Kollegen aus Frankreich stellen wir nun in einer Ersten Vorabveröffentlichung (PrePrint) unsere Daten zum 16S metabarcoding marker zur Verfügung. Wir konnten zeigen das der in Frankreich entwickelte DNA marker mehr Insekten detektieren kann als der standard COI marker den wir zuvor verwendet haben. So ließen sich in Zukunft fast alle Insekten in einer Umweltprobe detektieren was zu einer genaueren Beschreibung der Ökosysteme führt.

Die Vorabveröffentlichung kann hier herunter geladen werden!

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Doktorandenstelle DNA-Metabarcoding zu besetzen

The University of Duisburg-Essen (Campus Essen)
Centre for Water and Environmental Research (ZWU)
Aquatic Ecosystem Research Group (Leese-Lab) offers

1 PhD position (Part-time 55%; salary equivalent TV-L 13)
in Genetic Monitoring / Metabarcoding
(BMBF German Barcode of Life 2 subproject)

The group of Prof. Florian Leese is interested in developing new
molecular approaches to assess the ecological status of aquatic
ecosystems. Specifically, we develop and apply DNA metabarcoding
to monitor changes in stream communities under environmental
stressors. Furthermore, we utilize genome- wide markers and perform
transcriptional profiling to understand population and organismal
responses to multiple stressors. As part of a recently granted subproject
within the large collaborative German Barcode of Life Project (GBOL2,
funded by the Federal Ministry of Education and Research, BMBF),
we want to bring DNA metabarcoding of freshwater invertebrates to
the application stage. In cooperation with our collaborators at
the Zoological Research Museum Alexander Koenig (Bonn, Germany),
the candidate will collect samples, perform experiments, generate and
analyse next-generation sequencing data on whole communities (amplicon
sequencing). Further reading: Elbrecht & Leese, PLoS ONE 2015, DOI:
10.1371/journal.pone.0130324; Macher, Salis et al., Ecological Indicators,
2016.

The successful candidate (f/m) will hold a Master in Biology, Chemistry or
Bioinformatics and has good experience in molecular lab work. Furthermore,
he/she has experience and strong interest in a programming or
scripting language (e.g. R, C, Python). Candidates will benefit from the
international and interdisciplinary research environment at the research
group, the GBOL2 project and the ZWU. Excellent high-throughput genomics
and bioinformatics equipment are available in the newly equipped labs.

The position will start as soon as possible initially for 2,5 years
(will be extended).  Deadline: 29. February 2016

For more information please visit:
http://udue.de/leeselab
https://www.uni-due.de/zwu/
https://www.bolgermany.de

Please send applications as a single pdf file with reference code
42-16 to miriam.schmidt@uni-due.de. For questions please contact
florian.leese@uni-due.de.

We are one of the youngest universities in Germany and think in terms
of possibilities, not limitations. In the heart of the Ruhrregion,
we develop ideas of the future at our 11 faculties. We are strong in
research and teaching, live diversity, support potential and are highly
committed to an educational equality that has earned this name.

The University Duisburg-Essen aims at promoting
the diversity of its members (see http://www.uni-
due.de/diversity/international.shtml). Applications from disabled persons
or equivalents according to ง 2 Abs. 3 SGB IX are encouraged.

The University Duisburg-Essen has been awarded for its effort to promote
gender equality with the „Total-E- Quality-Award“. It aims at increasing
the share of women in the scientific personnel and therefore explicitly
encourages women to apply. Women will be preferentially considered when
equally qualified according to the state equality law.

Link to original job offer: URL: http://tinyurl.com/jd8ta6x

Prof. Dr. Florian Leese
University of Duisburg-Essen
Faculty of Biology
Aquatic Ecosystem Research
Universitaetsstrasse 5
D-45141 Essen, Germany

Email: florian.leese@uni-due.de
+49 201.183-4053  |  @leeselab
http://udue.de/leeselab

 

DNA metabarcoding Vorträge in Bonn und Landau! + Video

Im Januar wurde Vasco Elbrecht ins Museum Koenig (Bonn) und die Uni Landau eingeladen, um über aktuelle DNA Metabarcoding-Forschungsergebnisse aus dem Leeselab vorzutragen. Der Vortrag aus Landau ist in Englischer Sprache auf YouTube verfügbar.

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Screen Shot 2016-01-15 at 13.45.15Foto: Vasco Elbrecht vor der Savannen-Landschaft im Museum Koenig (Bonn).

Besuch aus Finnland!

Letzte Woche hatten wir von Dr. Kristian Meissner vom Finnischem Umweltinstitut SKYE Besuch. Derzeit untersuchen wir finnische Makrozoobenthos-Proben, und wenden unsere entwickelten Metabarcoding-Protokolle an, um die Gewässerbewertung genauer und günstiger zu machen. Kristian konnte sich über den Stand der aktuellen Projekte Informieren und neue Forschungsprojekte planen. Gleichzeitig präsentierte er in einem Vortrag neue Ergebnisse alternativer, optischer Methoden zur Verbesserung der Gewässerbewertung.

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Bild 1: Die Proben aus Finnland  enthalten Hunderte von Tieren, welche vor der DNA-Extraktion getrocknet werden.

Erster DNA Metabarcoding-Workshop!

Letzte Woche haben Florian Leese und Vasco Elbrecht an der Universität Duisburg Essen einen dreitägigen DNA-Metabarcoing Workshop gehalten. In gemütlichem Rahmen wurde den 15 Teilnehmern wurden unsere entwickelte Metabarcoding-Pipeline nähergebracht, so wie das gelernte an einem High-Throughput Datensatz an eigenem Rechner durchgespielt. Wir bedanken uns bei allen Teilnehmern für die tolle Mitarbeit und spannenden Gesprächen. Bis zum nächsten Jahr!

IMG_2093 Foto 1: Teilnehmer des Metabarcoding-Workshops 2015.

IMG_2085Foto 2: Vasco erläutert Probleme des Tagswitchings in DNA-Metabarcoding Protokollen.

Metabarcoding: Einfluss von BTI auf Zuckmücken

Anna Kästel von der Universität Koblenz-Landau und Vasco Elbrecht haben die letzten zwei Wochen 20 Zuckmücken Proben zum Metabarcoding vorbereitet. Zusammen mit Kathrin Theissinger, Carsten Brühl und Florian Leese untersuchen wir den Einfluss von Bacillus thuringiensis israelensis (BTI) auf Zuckmücken. BTI wird am Oberrhein zur Stechmückenkontrolle eingesetzt, könnte aber auch Effekte auf andere Dipteren haben. Mit modernsten Metabarcoding-Methoden wollen wir den Effekt von BTI erforschen.

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Foto: Vasco Elbrecht und Anna Kästel mit der fertigen Metabarcoding Library.

Vortrag von Míklos Bálint

Míklos Bálint, vom Biodiversität und Klima-Forschungszentrum BiK-F in Frankfurt, hat am Dienstag im Rahmen des von uns und der AG Biodiversität (Boenigk) organisierten Kolloquiums and der Uni Duisburg-Essen einen Vortrag über ‚Hochdurchsatz-Ökologie‘ gehalten. Insbesondere präsentierte Miki Ergebnisse zum Metabarcoding von Pilz Gemeinschaften auf Blättern. Wir bedanken uns bei Miki für seinen Besuch und die spannenden Diskussionen!

 

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Foto: Miki Bálint bei seinem Vortrag.