Kategorie-Archiv: Multiple Stressoren

Molecular Ecology-Modul

Am 5.9. startet unser neues Modul „Molecular Ecology“. Eine Woche werden wir im Molekularlabor des Forschungsinstituts Senckenberg in Gelnhausen Untersuchungen an Gewässerorganismen durchführen. Anschließend werden bioinformatische Analysen an der Universität Duisburg-Essen durchgeführt. Ziel des Kurses ist es molekulare Methoden kennen und anwenden zu lernen, mit deren Hilfe ökologische Fragen beantwortet werden können. Im Kurs werden wir insbesondere testen, ob natürliche oder anthropogene Faktoren die genetische Diversität und Isolation von Fließwasserorganismen bestimmen.

Als Untersuchungsgebiet haben wir das Rhein-Main-Observatorium gewählt.

Molecular Ecology Module

Neues Projekt: eDNA in Ruhr und Möhne

Am vergangenen Samstag waren wir an Ruhr und Möhne unterwegs, um die ersten Proben für ein weiteres neues Projekt zu nehmen. In den kommenden Monaten werden Florian und Jan untersuchen, wie sich aus dem Flusswasser gefilterte DNA (eDNA, environmental DNA) nutzen lässt, um die Artengemeinschaft in Ruhr und Möhne zu ermitteln.

5 3 2

Neues Projekt: Metabarcoding und eDNA zur Untersuchung multipler Stressoren in neuseeländischen Fließgewässern

Wir starten ein neues Projekt!

Gemeinsam mit unseren Kooperationspartnern von der University of Otago werden Florian und Jan Metabarcoding- und eDNA- Analysen nutzen, um den Einfluss multipler anthropogener Stressoren auf Artengemeinschaften in neuseeländischen Fließgewässern zu untersuchen.

NZSamples2   NZSamples4 NZSamples3   NZSamples

Neuer Artikel im Barcode Bulletin

In der neuesten Ausgabe des Barcode Bulletin ist ein Artikel von uns erschienen:

Auf den Seiten 10 bis 12 berichten Florian und Jan, dass kryptische Arten der Eintagsfliegengattung Deleatidium aus Neuseeland sehr gegensätzlich auf anthropogene Stressoren im Gewässer reagieren und welche Auswirkungen das auf die Bewertung der Gewässergüte hat.

http://ibol.org/wp-content/uploads/2016/03/iBOL-Barcode-Bulletin-Mar-2016-Reduced.pdf

Doktorandenstelle DNA-Metabarcoding zu besetzen

The University of Duisburg-Essen (Campus Essen)
Centre for Water and Environmental Research (ZWU)
Aquatic Ecosystem Research Group (Leese-Lab) offers

1 PhD position (Part-time 55%; salary equivalent TV-L 13)
in Genetic Monitoring / Metabarcoding
(BMBF German Barcode of Life 2 subproject)

The group of Prof. Florian Leese is interested in developing new
molecular approaches to assess the ecological status of aquatic
ecosystems. Specifically, we develop and apply DNA metabarcoding
to monitor changes in stream communities under environmental
stressors. Furthermore, we utilize genome- wide markers and perform
transcriptional profiling to understand population and organismal
responses to multiple stressors. As part of a recently granted subproject
within the large collaborative German Barcode of Life Project (GBOL2,
funded by the Federal Ministry of Education and Research, BMBF),
we want to bring DNA metabarcoding of freshwater invertebrates to
the application stage. In cooperation with our collaborators at
the Zoological Research Museum Alexander Koenig (Bonn, Germany),
the candidate will collect samples, perform experiments, generate and
analyse next-generation sequencing data on whole communities (amplicon
sequencing). Further reading: Elbrecht & Leese, PLoS ONE 2015, DOI:
10.1371/journal.pone.0130324; Macher, Salis et al., Ecological Indicators,
2016.

The successful candidate (f/m) will hold a Master in Biology, Chemistry or
Bioinformatics and has good experience in molecular lab work. Furthermore,
he/she has experience and strong interest in a programming or
scripting language (e.g. R, C, Python). Candidates will benefit from the
international and interdisciplinary research environment at the research
group, the GBOL2 project and the ZWU. Excellent high-throughput genomics
and bioinformatics equipment are available in the newly equipped labs.

The position will start as soon as possible initially for 2,5 years
(will be extended).  Deadline: 29. February 2016

For more information please visit:
http://udue.de/leeselab
https://www.uni-due.de/zwu/
https://www.bolgermany.de

Please send applications as a single pdf file with reference code
42-16 to miriam.schmidt@uni-due.de. For questions please contact
florian.leese@uni-due.de.

We are one of the youngest universities in Germany and think in terms
of possibilities, not limitations. In the heart of the Ruhrregion,
we develop ideas of the future at our 11 faculties. We are strong in
research and teaching, live diversity, support potential and are highly
committed to an educational equality that has earned this name.

The University Duisburg-Essen aims at promoting
the diversity of its members (see http://www.uni-
due.de/diversity/international.shtml). Applications from disabled persons
or equivalents according to ง 2 Abs. 3 SGB IX are encouraged.

The University Duisburg-Essen has been awarded for its effort to promote
gender equality with the „Total-E- Quality-Award“. It aims at increasing
the share of women in the scientific personnel and therefore explicitly
encourages women to apply. Women will be preferentially considered when
equally qualified according to the state equality law.

Link to original job offer: URL: http://tinyurl.com/jd8ta6x

Prof. Dr. Florian Leese
University of Duisburg-Essen
Faculty of Biology
Aquatic Ecosystem Research
Universitaetsstrasse 5
D-45141 Essen, Germany

Email: florian.leese@uni-due.de
+49 201.183-4053  |  @leeselab
http://udue.de/leeselab

 

Neues Paper: Einfluss multipler anthropogener Stressoren auf kryptische Arten der Gattung Deleatidium

Del
Zusammen mit Romana Salis, Katie Blakemore und Christoph Matthaei von der University of Otago in Neuseeland sowie Ralph Tollrian von der Ruhr-Universität Bochum haben Jan Macher und Florian Leese untersucht, welchen Einfluss multiple anthropogene Stressoren auf morphologisch nicht auf Artniveau bestimmbare Eintagsfliegen der neuseeländischen Gattung Deleatidium haben.
Die Gattung Deleatidium gilt in Neuseeland als ein wichtiges Indikatortaxon, das eine gute Gewässerqualität anzeigt. Im nun im Journal Ecological Indicators erschienenen Paper mit dem Titel „Multiple-stressor effects on stream invertebrates: DNA barcoding reveals contrasting responses of cryptic mayfly species“ konnten Jan und Florian zeigen, dass Deleatidium-Arten sehr unterschiedlich auf landwirtschaftliche Stressoren reagieren. Während Stressoren einen starken negativen Einfluss auf einige Arten haben, zeigen andere Arten keinerlei negative Reaktionen. Dies hat Auswirkungen auf zukünftige Bewertungen der Gewässerqualität und verdeutlicht, dass dringend besseres Wissen über die Ökologie von Fließgewässerarten benötigt wird.