Kategorie-Archiv: News

Beprobung der Sieg

Letzte Woche waren Vera und Bianca zusammen mit unseren Projektpartnern vom Forschungsmuseum Alexander Koenig zwei Tage an der Sieg und haben Proben für Veras Doktorarbeit gesammelt. In diesem Projektteil soll die vorhandene Biodiversität ausgewählter Probestellen mit den Ergebnissen unseres GBOL-Partners aus den letzten Jahren verglichen und fortgeführt werden.

Dabei kamen verschiedene Methoden zum Einsatz. Über Kick-Sampling wurde Makrozoobenthos gesammelt, welches nun im Anschluss mit unserem selbstentwickelten Metabarcoding-Protokoll identifiziert wird. Es wurden außerdem Wasserproben gefiltert, mit denen wir testen möchten, ob sich mit der darin befindlichen DNA (eDNA, environmental DNA) vergleichbare Ergebnisse erzielen lassen. Und zusätzlich filterten wir noch Mikroorganismen aus den Gewässerproben, um mögliche Verlinkungen zum Makrozoobenthos nachzuprüfen.

In den kommenden drei Jahren sollen diese Untersuchungen halbjährlich wiederholt werden.

River Sieg

Foto 1: Erstes Beprobungsgewässer ist die Sieg.

Proben konservieren

Foto 2: Aussortieren der Probe.

eDNA filtern

Foto 3: Vorbereiten der Apparatur für eDNA-Filtern.

Kicksampling

Foto 4: Kicksampling-Beprobung.

Molecular Ecology-Modul

Am 5.9. startet unser neues Modul „Molecular Ecology“. Eine Woche werden wir im Molekularlabor des Forschungsinstituts Senckenberg in Gelnhausen Untersuchungen an Gewässerorganismen durchführen. Anschließend werden bioinformatische Analysen an der Universität Duisburg-Essen durchgeführt. Ziel des Kurses ist es molekulare Methoden kennen und anwenden zu lernen, mit deren Hilfe ökologische Fragen beantwortet werden können. Im Kurs werden wir insbesondere testen, ob natürliche oder anthropogene Faktoren die genetische Diversität und Isolation von Fließwasserorganismen bestimmen.

Als Untersuchungsgebiet haben wir das Rhein-Main-Observatorium gewählt.

Molecular Ecology Module

Konferenz video: Metabarcoding Primer Entwicklung

In Sacramento haben wir der diesjährigen Konferenz der Society for freshwater Science SFS unsere neusten Forschungsergebnisse zum DNA Metabarcoding vorgestellt. Ein video der presentation ist in Englischer Sprache auf YouTube zu finden.

Insbesondere das Primer-development-tool PrimerMiner wurde vorgestellt, welches als R package auf GitHub erhältlich ist. Zusätzlich ist kürzlich zu entsprechendem Package ein PrePrint als vorab Veröffentlichung erschienen.

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Neues Projekt: eDNA in Ruhr und Möhne

Am vergangenen Samstag waren wir an Ruhr und Möhne unterwegs, um die ersten Proben für ein weiteres neues Projekt zu nehmen. In den kommenden Monaten werden Florian und Jan untersuchen, wie sich aus dem Flusswasser gefilterte DNA (eDNA, environmental DNA) nutzen lässt, um die Artengemeinschaft in Ruhr und Möhne zu ermitteln.

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Video: Trocknen und Homogenisieren von Umweltproben

Mit der im Leeselab entwickelten DNA Metabarcoding-Methode können Hunderte von Invertebraten aus Umweltproben sicher identifiziert werden. Die Tiere werden mit einem Netz von der Gewässersohle gesammelt („Kick-sampling“). Für die weitere Bearbeitung im Labor ist eine Trocknung der in Ethanol gelagerten Tiere notwendig. Danach werden die Proben in einem Homogenisator fein zermahlen. Bereits ein kleiner Teil dieses feinen Pulvers reicht aus, um DNA von allen in der Probe vorhandenen Individuen zu erhalten und sie folglich über unsere DNA Metabarcoding-Methoden zu identifizieren.

Wir zeigen in folgendem Video, wie wir Invertebraten-Proben bei uns im Labor trocknen und homogenisieren. Derzeit bearbeiten wir Proben aus Finnland, welche dort zur Gewässerbewertung genutzt wurden. Ein weiterer Beitrag zu dieser Methode ist kürzlich im Radio (wdr5) erschienen.

Neuer Artikel im Barcode Bulletin

In der neuesten Ausgabe des Barcode Bulletin ist ein Artikel von uns erschienen:

Auf den Seiten 10 bis 12 berichten Florian und Jan, dass kryptische Arten der Eintagsfliegengattung Deleatidium aus Neuseeland sehr gegensätzlich auf anthropogene Stressoren im Gewässer reagieren und welche Auswirkungen das auf die Bewertung der Gewässergüte hat.

http://ibol.org/wp-content/uploads/2016/03/iBOL-Barcode-Bulletin-Mar-2016-Reduced.pdf

Neues Projekt: eDNA der „Emschergroppe“

Wir starten ein neues Projekt:

Gunnar Jacobs von der Emschergenossenschaft startet eine Doktorarbeit, in der er das Vorkommen, die Verbreitung und die Ausbreitungsfähigkeit der Emschergroppe (Cottus cf. rhenanus) in der Emscher und ihren Zuflüssen untersucht.

Die Emschergroppe ist ein Fisch, von dem kleine Populationen die extreme industrielle Verschmutzung der Gewässer im Ruhrgebiet während der letzten 100 Jahre in wenigen Bachoberläufen überlebt haben. Exemplare aus diesen Reliktpopulationen werden nun in renaturierten Gewässern des Emschmersystems ausgesetzt, um eine Wiederbesiedlung zu erreichen.

Gunnar wird eDNA (environmental DNA, = Umwelt-DNA) nutzen, um das Vorkommen und die Verbreitung der Emschergroppe sowie die Geschwindigkeit der Wiederbesiedlung verschiedener Gewässer nachzuweisen. Die Nutzung von eDNA bedeutet, dass Gunnar Wasser aus einem Gewässer filtern und die darin enthaltene DNA der Emschergroppe im Labor nachweisen und analysieren wird. Die Fische müssen nicht mehr gefangen werden. Gunnars Arbeit wird dazu beitragen, die Emschergroppe und das „Ökosystem Emscher“ besser zu verstehen und Schutzmaßnahmen zu planen.

Willkommen, Gunnar! Wir freuen uns auf das spannende Projekt!

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Neuer PrePrint: Potential von 16S markern für DNA metabarcoding

Zusammen mit unseren Kollegen aus Frankreich stellen wir nun in einer Ersten Vorabveröffentlichung (PrePrint) unsere Daten zum 16S metabarcoding marker zur Verfügung. Wir konnten zeigen das der in Frankreich entwickelte DNA marker mehr Insekten detektieren kann als der standard COI marker den wir zuvor verwendet haben. So ließen sich in Zukunft fast alle Insekten in einer Umweltprobe detektieren was zu einer genaueren Beschreibung der Ökosysteme führt.

Die Vorabveröffentlichung kann hier herunter geladen werden!

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