Kategorie-Archiv: News

Video: Trocknen und Homogenisieren von Umweltproben

Mit der im Leeselab entwickelten DNA Metabarcoding-Methode können Hunderte von Invertebraten aus Umweltproben sicher identifiziert werden. Die Tiere werden mit einem Netz von der Gewässersohle gesammelt („Kick-sampling“). Für die weitere Bearbeitung im Labor ist eine Trocknung der in Ethanol gelagerten Tiere notwendig. Danach werden die Proben in einem Homogenisator fein zermahlen. Bereits ein kleiner Teil dieses feinen Pulvers reicht aus, um DNA von allen in der Probe vorhandenen Individuen zu erhalten und sie folglich über unsere DNA Metabarcoding-Methoden zu identifizieren.

Wir zeigen in folgendem Video, wie wir Invertebraten-Proben bei uns im Labor trocknen und homogenisieren. Derzeit bearbeiten wir Proben aus Finnland, welche dort zur Gewässerbewertung genutzt wurden. Ein weiterer Beitrag zu dieser Methode ist kürzlich im Radio (wdr5) erschienen.

Lab Retreat

Wir haben fünf produktive Tage in der Eifel verbracht, um aktuelle Projekte zu besprechen,  neue Projekte zu planen und um die zukünftigen Schwerpunkte der Arbeit festzulegen.FullSizeRender IMG_4032 FullSizeRender(2)

 

 

Neuer Artikel im Barcode Bulletin

In der neuesten Ausgabe des Barcode Bulletin ist ein Artikel von uns erschienen:

Auf den Seiten 10 bis 12 berichten Florian und Jan, dass kryptische Arten der Eintagsfliegengattung Deleatidium aus Neuseeland sehr gegensätzlich auf anthropogene Stressoren im Gewässer reagieren und welche Auswirkungen das auf die Bewertung der Gewässergüte hat.

http://ibol.org/wp-content/uploads/2016/03/iBOL-Barcode-Bulletin-Mar-2016-Reduced.pdf

Neues Projekt: eDNA der „Emschergroppe“

Wir starten ein neues Projekt:

Gunnar Jacobs von der Emschergenossenschaft startet eine Doktorarbeit, in der er das Vorkommen, die Verbreitung und die Ausbreitungsfähigkeit der Emschergroppe (Cottus cf. rhenanus) in der Emscher und ihren Zuflüssen untersucht.

Die Emschergroppe ist ein Fisch, von dem kleine Populationen die extreme industrielle Verschmutzung der Gewässer im Ruhrgebiet während der letzten 100 Jahre in wenigen Bachoberläufen überlebt haben. Exemplare aus diesen Reliktpopulationen werden nun in renaturierten Gewässern des Emschmersystems ausgesetzt, um eine Wiederbesiedlung zu erreichen.

Gunnar wird eDNA (environmental DNA, = Umwelt-DNA) nutzen, um das Vorkommen und die Verbreitung der Emschergroppe sowie die Geschwindigkeit der Wiederbesiedlung verschiedener Gewässer nachzuweisen. Die Nutzung von eDNA bedeutet, dass Gunnar Wasser aus einem Gewässer filtern und die darin enthaltene DNA der Emschergroppe im Labor nachweisen und analysieren wird. Die Fische müssen nicht mehr gefangen werden. Gunnars Arbeit wird dazu beitragen, die Emschergroppe und das „Ökosystem Emscher“ besser zu verstehen und Schutzmaßnahmen zu planen.

Willkommen, Gunnar! Wir freuen uns auf das spannende Projekt!

Cottus IMG_3417

Neuer PrePrint: Potential von 16S markern für DNA metabarcoding

Zusammen mit unseren Kollegen aus Frankreich stellen wir nun in einer Ersten Vorabveröffentlichung (PrePrint) unsere Daten zum 16S metabarcoding marker zur Verfügung. Wir konnten zeigen das der in Frankreich entwickelte DNA marker mehr Insekten detektieren kann als der standard COI marker den wir zuvor verwendet haben. So ließen sich in Zukunft fast alle Insekten in einer Umweltprobe detektieren was zu einer genaueren Beschreibung der Ökosysteme führt.

Die Vorabveröffentlichung kann hier herunter geladen werden!

Untitled-1

Doktorandenstelle DNA-Metabarcoding zu besetzen

The University of Duisburg-Essen (Campus Essen)
Centre for Water and Environmental Research (ZWU)
Aquatic Ecosystem Research Group (Leese-Lab) offers

1 PhD position (Part-time 55%; salary equivalent TV-L 13)
in Genetic Monitoring / Metabarcoding
(BMBF German Barcode of Life 2 subproject)

The group of Prof. Florian Leese is interested in developing new
molecular approaches to assess the ecological status of aquatic
ecosystems. Specifically, we develop and apply DNA metabarcoding
to monitor changes in stream communities under environmental
stressors. Furthermore, we utilize genome- wide markers and perform
transcriptional profiling to understand population and organismal
responses to multiple stressors. As part of a recently granted subproject
within the large collaborative German Barcode of Life Project (GBOL2,
funded by the Federal Ministry of Education and Research, BMBF),
we want to bring DNA metabarcoding of freshwater invertebrates to
the application stage. In cooperation with our collaborators at
the Zoological Research Museum Alexander Koenig (Bonn, Germany),
the candidate will collect samples, perform experiments, generate and
analyse next-generation sequencing data on whole communities (amplicon
sequencing). Further reading: Elbrecht & Leese, PLoS ONE 2015, DOI:
10.1371/journal.pone.0130324; Macher, Salis et al., Ecological Indicators,
2016.

The successful candidate (f/m) will hold a Master in Biology, Chemistry or
Bioinformatics and has good experience in molecular lab work. Furthermore,
he/she has experience and strong interest in a programming or
scripting language (e.g. R, C, Python). Candidates will benefit from the
international and interdisciplinary research environment at the research
group, the GBOL2 project and the ZWU. Excellent high-throughput genomics
and bioinformatics equipment are available in the newly equipped labs.

The position will start as soon as possible initially for 2,5 years
(will be extended).  Deadline: 29. February 2016

For more information please visit:
http://udue.de/leeselab
https://www.uni-due.de/zwu/
https://www.bolgermany.de

Please send applications as a single pdf file with reference code
42-16 to miriam.schmidt@uni-due.de. For questions please contact
florian.leese@uni-due.de.

We are one of the youngest universities in Germany and think in terms
of possibilities, not limitations. In the heart of the Ruhrregion,
we develop ideas of the future at our 11 faculties. We are strong in
research and teaching, live diversity, support potential and are highly
committed to an educational equality that has earned this name.

The University Duisburg-Essen aims at promoting
the diversity of its members (see http://www.uni-
due.de/diversity/international.shtml). Applications from disabled persons
or equivalents according to ง 2 Abs. 3 SGB IX are encouraged.

The University Duisburg-Essen has been awarded for its effort to promote
gender equality with the „Total-E- Quality-Award“. It aims at increasing
the share of women in the scientific personnel and therefore explicitly
encourages women to apply. Women will be preferentially considered when
equally qualified according to the state equality law.

Link to original job offer: URL: http://tinyurl.com/jd8ta6x

Prof. Dr. Florian Leese
University of Duisburg-Essen
Faculty of Biology
Aquatic Ecosystem Research
Universitaetsstrasse 5
D-45141 Essen, Germany

Email: florian.leese@uni-due.de
+49 201.183-4053  |  @leeselab
http://udue.de/leeselab

 

DNA metabarcoding Vorträge in Bonn und Landau! + Video

Im Januar wurde Vasco Elbrecht ins Museum Koenig (Bonn) und die Uni Landau eingeladen, um über aktuelle DNA Metabarcoding-Forschungsergebnisse aus dem Leeselab vorzutragen. Der Vortrag aus Landau ist in Englischer Sprache auf YouTube verfügbar.

Screen Shot 2016-01-15 at 13.40.59

 

Screen Shot 2016-01-15 at 13.45.15Foto: Vasco Elbrecht vor der Savannen-Landschaft im Museum Koenig (Bonn).

Besuch aus Finnland!

Letzte Woche hatten wir von Dr. Kristian Meissner vom Finnischem Umweltinstitut SKYE Besuch. Derzeit untersuchen wir finnische Makrozoobenthos-Proben, und wenden unsere entwickelten Metabarcoding-Protokolle an, um die Gewässerbewertung genauer und günstiger zu machen. Kristian konnte sich über den Stand der aktuellen Projekte Informieren und neue Forschungsprojekte planen. Gleichzeitig präsentierte er in einem Vortrag neue Ergebnisse alternativer, optischer Methoden zur Verbesserung der Gewässerbewertung.

Screen Shot 2015-12-06 at 20.26.08

Bild 1: Die Proben aus Finnland  enthalten Hunderte von Tieren, welche vor der DNA-Extraktion getrocknet werden.

Erster DNA Metabarcoding-Workshop!

Letzte Woche haben Florian Leese und Vasco Elbrecht an der Universität Duisburg Essen einen dreitägigen DNA-Metabarcoing Workshop gehalten. In gemütlichem Rahmen wurde den 15 Teilnehmern wurden unsere entwickelte Metabarcoding-Pipeline nähergebracht, so wie das gelernte an einem High-Throughput Datensatz an eigenem Rechner durchgespielt. Wir bedanken uns bei allen Teilnehmern für die tolle Mitarbeit und spannenden Gesprächen. Bis zum nächsten Jahr!

IMG_2093 Foto 1: Teilnehmer des Metabarcoding-Workshops 2015.

IMG_2085Foto 2: Vasco erläutert Probleme des Tagswitchings in DNA-Metabarcoding Protokollen.

Neues Paper: Einfluss multipler anthropogener Stressoren auf kryptische Arten der Gattung Deleatidium

Del
Zusammen mit Romana Salis, Katie Blakemore und Christoph Matthaei von der University of Otago in Neuseeland sowie Ralph Tollrian von der Ruhr-Universität Bochum haben Jan Macher und Florian Leese untersucht, welchen Einfluss multiple anthropogene Stressoren auf morphologisch nicht auf Artniveau bestimmbare Eintagsfliegen der neuseeländischen Gattung Deleatidium haben.
Die Gattung Deleatidium gilt in Neuseeland als ein wichtiges Indikatortaxon, das eine gute Gewässerqualität anzeigt. Im nun im Journal Ecological Indicators erschienenen Paper mit dem Titel „Multiple-stressor effects on stream invertebrates: DNA barcoding reveals contrasting responses of cryptic mayfly species“ konnten Jan und Florian zeigen, dass Deleatidium-Arten sehr unterschiedlich auf landwirtschaftliche Stressoren reagieren. Während Stressoren einen starken negativen Einfluss auf einige Arten haben, zeigen andere Arten keinerlei negative Reaktionen. Dies hat Auswirkungen auf zukünftige Bewertungen der Gewässerqualität und verdeutlicht, dass dringend besseres Wissen über die Ökologie von Fließgewässerarten benötigt wird.