Kategorie-Archiv: News

Doktorandenstelle DNA-Metabarcoding zu besetzen

The University of Duisburg-Essen (Campus Essen)
Centre for Water and Environmental Research (ZWU)
Aquatic Ecosystem Research Group (Leese-Lab) offers

1 PhD position (Part-time 55%; salary equivalent TV-L 13)
in Genetic Monitoring / Metabarcoding
(BMBF German Barcode of Life 2 subproject)

The group of Prof. Florian Leese is interested in developing new
molecular approaches to assess the ecological status of aquatic
ecosystems. Specifically, we develop and apply DNA metabarcoding
to monitor changes in stream communities under environmental
stressors. Furthermore, we utilize genome- wide markers and perform
transcriptional profiling to understand population and organismal
responses to multiple stressors. As part of a recently granted subproject
within the large collaborative German Barcode of Life Project (GBOL2,
funded by the Federal Ministry of Education and Research, BMBF),
we want to bring DNA metabarcoding of freshwater invertebrates to
the application stage. In cooperation with our collaborators at
the Zoological Research Museum Alexander Koenig (Bonn, Germany),
the candidate will collect samples, perform experiments, generate and
analyse next-generation sequencing data on whole communities (amplicon
sequencing). Further reading: Elbrecht & Leese, PLoS ONE 2015, DOI:
10.1371/journal.pone.0130324; Macher, Salis et al., Ecological Indicators,
2016.

The successful candidate (f/m) will hold a Master in Biology, Chemistry or
Bioinformatics and has good experience in molecular lab work. Furthermore,
he/she has experience and strong interest in a programming or
scripting language (e.g. R, C, Python). Candidates will benefit from the
international and interdisciplinary research environment at the research
group, the GBOL2 project and the ZWU. Excellent high-throughput genomics
and bioinformatics equipment are available in the newly equipped labs.

The position will start as soon as possible initially for 2,5 years
(will be extended).  Deadline: 29. February 2016

For more information please visit:
http://udue.de/leeselab
https://www.uni-due.de/zwu/
https://www.bolgermany.de

Please send applications as a single pdf file with reference code
42-16 to miriam.schmidt@uni-due.de. For questions please contact
florian.leese@uni-due.de.

We are one of the youngest universities in Germany and think in terms
of possibilities, not limitations. In the heart of the Ruhrregion,
we develop ideas of the future at our 11 faculties. We are strong in
research and teaching, live diversity, support potential and are highly
committed to an educational equality that has earned this name.

The University Duisburg-Essen aims at promoting
the diversity of its members (see http://www.uni-
due.de/diversity/international.shtml). Applications from disabled persons
or equivalents according to ง 2 Abs. 3 SGB IX are encouraged.

The University Duisburg-Essen has been awarded for its effort to promote
gender equality with the „Total-E- Quality-Award“. It aims at increasing
the share of women in the scientific personnel and therefore explicitly
encourages women to apply. Women will be preferentially considered when
equally qualified according to the state equality law.

Link to original job offer: URL: http://tinyurl.com/jd8ta6x

Prof. Dr. Florian Leese
University of Duisburg-Essen
Faculty of Biology
Aquatic Ecosystem Research
Universitaetsstrasse 5
D-45141 Essen, Germany

Email: florian.leese@uni-due.de
+49 201.183-4053  |  @leeselab
http://udue.de/leeselab

 

DNA metabarcoding Vorträge in Bonn und Landau! + Video

Im Januar wurde Vasco Elbrecht ins Museum Koenig (Bonn) und die Uni Landau eingeladen, um über aktuelle DNA Metabarcoding-Forschungsergebnisse aus dem Leeselab vorzutragen. Der Vortrag aus Landau ist in Englischer Sprache auf YouTube verfügbar.

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Screen Shot 2016-01-15 at 13.45.15Foto: Vasco Elbrecht vor der Savannen-Landschaft im Museum Koenig (Bonn).

Besuch aus Finnland!

Letzte Woche hatten wir von Dr. Kristian Meissner vom Finnischem Umweltinstitut SKYE Besuch. Derzeit untersuchen wir finnische Makrozoobenthos-Proben, und wenden unsere entwickelten Metabarcoding-Protokolle an, um die Gewässerbewertung genauer und günstiger zu machen. Kristian konnte sich über den Stand der aktuellen Projekte Informieren und neue Forschungsprojekte planen. Gleichzeitig präsentierte er in einem Vortrag neue Ergebnisse alternativer, optischer Methoden zur Verbesserung der Gewässerbewertung.

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Bild 1: Die Proben aus Finnland  enthalten Hunderte von Tieren, welche vor der DNA-Extraktion getrocknet werden.

Erster DNA Metabarcoding-Workshop!

Letzte Woche haben Florian Leese und Vasco Elbrecht an der Universität Duisburg Essen einen dreitägigen DNA-Metabarcoing Workshop gehalten. In gemütlichem Rahmen wurde den 15 Teilnehmern wurden unsere entwickelte Metabarcoding-Pipeline nähergebracht, so wie das gelernte an einem High-Throughput Datensatz an eigenem Rechner durchgespielt. Wir bedanken uns bei allen Teilnehmern für die tolle Mitarbeit und spannenden Gesprächen. Bis zum nächsten Jahr!

IMG_2093 Foto 1: Teilnehmer des Metabarcoding-Workshops 2015.

IMG_2085Foto 2: Vasco erläutert Probleme des Tagswitchings in DNA-Metabarcoding Protokollen.

Neues Paper: Einfluss multipler anthropogener Stressoren auf kryptische Arten der Gattung Deleatidium

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Zusammen mit Romana Salis, Katie Blakemore und Christoph Matthaei von der University of Otago in Neuseeland sowie Ralph Tollrian von der Ruhr-Universität Bochum haben Jan Macher und Florian Leese untersucht, welchen Einfluss multiple anthropogene Stressoren auf morphologisch nicht auf Artniveau bestimmbare Eintagsfliegen der neuseeländischen Gattung Deleatidium haben.
Die Gattung Deleatidium gilt in Neuseeland als ein wichtiges Indikatortaxon, das eine gute Gewässerqualität anzeigt. Im nun im Journal Ecological Indicators erschienenen Paper mit dem Titel „Multiple-stressor effects on stream invertebrates: DNA barcoding reveals contrasting responses of cryptic mayfly species“ konnten Jan und Florian zeigen, dass Deleatidium-Arten sehr unterschiedlich auf landwirtschaftliche Stressoren reagieren. Während Stressoren einen starken negativen Einfluss auf einige Arten haben, zeigen andere Arten keinerlei negative Reaktionen. Dies hat Auswirkungen auf zukünftige Bewertungen der Gewässerqualität und verdeutlicht, dass dringend besseres Wissen über die Ökologie von Fließgewässerarten benötigt wird.

Metabarcoding: Einfluss von BTI auf Zuckmücken

Anna Kästel von der Universität Koblenz-Landau und Vasco Elbrecht haben die letzten zwei Wochen 20 Zuckmücken Proben zum Metabarcoding vorbereitet. Zusammen mit Kathrin Theissinger, Carsten Brühl und Florian Leese untersuchen wir den Einfluss von Bacillus thuringiensis israelensis (BTI) auf Zuckmücken. BTI wird am Oberrhein zur Stechmückenkontrolle eingesetzt, könnte aber auch Effekte auf andere Dipteren haben. Mit modernsten Metabarcoding-Methoden wollen wir den Effekt von BTI erforschen.

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Foto: Vasco Elbrecht und Anna Kästel mit der fertigen Metabarcoding Library.

Vortrag von Míklos Bálint

Míklos Bálint, vom Biodiversität und Klima-Forschungszentrum BiK-F in Frankfurt, hat am Dienstag im Rahmen des von uns und der AG Biodiversität (Boenigk) organisierten Kolloquiums and der Uni Duisburg-Essen einen Vortrag über ‚Hochdurchsatz-Ökologie‘ gehalten. Insbesondere präsentierte Miki Ergebnisse zum Metabarcoding von Pilz Gemeinschaften auf Blättern. Wir bedanken uns bei Miki für seinen Besuch und die spannenden Diskussionen!

 

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Foto: Miki Bálint bei seinem Vortrag.

Der offizielle Leese Lab-Blog!

Im Rahmen das GeneStream-Projektes haben wir die letzten zwei Jahre knapp 100 News-Beiträge veröffentlicht. Mit über 70.000 Seiten aufrufen und viel positivem Feedback wollen wir auch in unserer neuen Wirkungsstätte, der Universität Duisburg Essen, weiter fleißig Beiträge schreiben.

Aktuelle Informationen zu Lehrveranstaltungen, laufenden Projekten, Mitarbeitern und Kontakt- Informationen gibt es auf unserer offiziellen AG-Website der Uni Duisburg-Essen.

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Auf unserem Blog präsentieren wir wieder aktuelle Infos, Fotos, Videos und Events aus unserer aktuellen Forschung. Wer noch schneller informiert werden möchte kann und auf Twitter folgen: @Leeselab (Florian Leese), @luckylionde (Vasco Elbrecht)