Kategorie-Archiv: Publikation

Neue Veröffentlichung – Primer Validierung

Gestern erschien eine neue Veröffentlichung von Vasco und Florian mit dem Titel „Validation and Development of COI Metabarcoding Primers for Freshwater Macroinvertebrate Bioassessment“ in der Zeitschrift Frontiers in Environmental Science (Link). In der Studie zeigen wir anhand ausführlicher in silico Analysen Probleme der aktuell verfügbaren COI Primer für Metabarcoding von Makrozoobenthos-Tiergemeinschaften und testen vier neu-entwickelte Primer. Unsere Analysen zeigen, dass insbesondere die neu-entwickelten Primer (BF/BR) für die Analyse von Süßwassermakroinvertebraten sehr geeignet sind. Insbesondere aber zeigt die Studie, wie wichtig eine gründliche Validierung der Primer ist und zeigt, dass hier in Zukunft noch viel Verbesserungspotenzial im Kontext der wachsenden Referenzdatenbanken besteht.

Neue Veröffentlichung: Ribosomale Marker für DNA-Metabarcoding!

Basierend auf unseren zuvor genutzten Artgemeinschaften, welche wir zum Entwickeln unseres COI DNA Metabarcoding-Protokolls verwendet haben, ist nun eine weitere Veröffentlichung erschienen. In dem PeerJ erschienenen Artikel testen wir ob ribosomale metabarcoding Marker Artgemeinschaften besser detektieren als die zuvor verwendeten COI Folmer Primer. Dies war tatsächlich der Fall, jedoch ist die Nutzbarkeit des 16S Markers stark durch die limitierten Referenzdaten eingeschränkt. Die gemeinsam mit unseren Kooperationspartnern aus Frankreich veröffentlichte zeigt entsprechend, dass ein alternativer zu COI prinzipiell gut nutzbar ist. Aufgrund der umfangreichen Referenzdatenbank für COI werden wir jedoch auch in den nächsten Jahre auf den COI Marker vertrauen. Dass mit angepassten Primern dieser Marker ebenso zuverlässig ist wie der ribosomale Marker zeigen erste Tests.

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Abbildung: Der getestete 16S Marker zeigt deutlich weniger Variabilität als der standard COI Folmer Maker.